《91神鵰俠侶》所繼承的並非原著的角色名字與時空背景，而是金庸小說中那份「問世間情為何物，直教生死相許」的愛情精神，只是改用現代的方式表達出來。片中唯一的大改動，是女主角梅艷芳（妹），比原著中的小龍女更為主動爭取愛情。雖然她一度被迫離開劉德華，但重逢的決心從未動搖。時間一到，她便悄悄搬到劉德華住所對面，並在露台上擺滿茉莉花作為暗示。而主線劇情中，劉德華則是一直苦苦追尋梅艷芳（妹），顯得癡心款款，只要有一絲線索便立刻動身前往。他們兩人的真誠最終打動了梅艷芳(姐)及劉嘉玲，一人透露了妹妹的住處，另一人則交出解藥，使得男女主角最終決定退隱江湖，共同生活以彌補以往失去的時光，結局同原著一模一樣。
這部電影不論在故事、演員還是美術設計上，在港產片史上絕對稱得上是超水準之作。尤其是將故事設定在一個時空模糊的科幻世界中，這種背景在古今的港產片中十分鮮有。可惜的是，電影的後期製作糟蹋了先前的努力。其中最大的問題在於配音，台詞與口型完全對不上，而且前半段與後半段的配音陣容並不相同，令人懷疑是分別找了兩批人配音，加上劉導演在後期製作時刻意修改台詞所致。例如到了後期，郭富城的角色改由陳欣配音，葉蘊儀的角色則變成了沈小蘭。這種人聲的突兀轉變嚴重影響了觀眾的投入感。最令人失望的是梅艷芳(姐)一角找了羅君左來配音。非指羅君左配得不好，而是這種處理糟蹋了角色本身妖艷且大癲大肺的個性，她畢竟還是一位美女，怎料一開口卻是鵝肝喉男人聲。
此外，電影的正式版本其實刪減了部分情節，例如故事開端有關城市僱傭兵、隱形博士以及恐怖天使的背景交代。這段劇情包含了非常重要的角色與世界觀設定，缺少了這部分，導致正式版一開始幾位角色出場的交代顯得破碎而突兀。究竟敵方幫派抓走公主是否與恐怖天使有關? 觀眾無從得知。或許劉導只是想將焦點集中在俠侶之間至死不渝的愛情上，因而刪去了這段他認為屬於枝節中的枝節。